蓬溪地处四川中部的嘉陵江与涪江之间的丘陵区，境内水系发达，溪河较多，源短水急。全县溪河共有198条，长964.8公里。其中10公里以上的15条。河网密度0.77公里/平方公里。水系呈平行状，格网状和树枝状，东南部蓬南镇境内的中和河、东保河和翻身乡、黄泥乡境内部分溪河流入嘉陵江属嘉陵江水系，其余镇乡河流流入涪江，属涪江水系。

　　一、涪江
　　涪江发源于阿坝自治州松潘县与九寨沟县之间的岷山主峰雪宝顶，流经平武、江油、绵阳、三台、射洪、大英、船山、蓬溪、潼南、铜梁、合川，于合川东津沱注入嘉陵江，全长660公里。
涪江于射洪县青堤南渡至天福镇打渔湾入蓬溪县境，至碾槽坝折而南流，经红江镇转入大英、船山境，在船山区唐家乡伞峰村与蓬溪河汇流，经遂宁市城区至大石头复入蓬溪县金桥、高坪、荷叶等乡于荷叶乡定水寺出县界入船山和潼南境内。县内流入涪江的干、支流172条，长860.1公里，占全县河长的89%。主要溪河有蓬溪(芝溪)、荷叶溪(任隆河)、天福溪、先宁溪、倒流溪、定水溪。

　　二、蓬溪
　　蓬溪古名蓬莱溪，1985年，更名为芝溪。有二源，一源起于南充嘉陵区里坝乡“上西高原”，经蓬溪新会镇岳皇观村入境。一源起于下东乡金山寺山麓，经骡子堰至田家坝村二源合流，经赤城镇、明月、回水、吉祥等镇乡，于船山区唐家乡伞峰村入涪江，全长106公里，境内长56公里，流域面积719平方公里，县内占675平方公里。
　　蓬溪河北岸支流多而长，南岸支流少而短，多为由北向南流，与干流构成平行状水系，其主要支流有8条。
　　北新溪　源于新星乡仙灵村，由北而南流，经新星、附北、新会至下东乡王家湾村流入蓬溪河，干流长9公里，流域面积20平方公里。
　　洗芝溪　源于附北白毛沟猫猫山，由东北向西南流，经附北、上东至赤城镇上河街口入蓬溪河，干流5公里，流域面积6平方公里。
　　马桑溪　一源于西充县高院乡，至文井乡映井村入境，由北向南流经文井、新林入赤城湖；一源于新星乡的白郎观村，经新星、普光至附北两河口与源出新星乡青龙嘴村，经附北而来的无名溪相汇后改称朱家桥溪，过赤城湖到西华乡观音桥汇入蓬溪河，干流长24公里，流域面积106平方公里，境内占97平方公里。
　　马堵溪　源于新林乡兴乐村，流经新林、板桥、附西、西华至民建碧山庙村注入蓬溪，干流18公里，流域面积29平方公里。
　　金带河　源于新林乡顺天村，流经新林、板桥至民建乡肖家桥注入蓬溪，干流长17公里，流域面积30平方公里。
　　牛家河　源于射洪县曹碑乡，入境后，经罗戈乡红星水库由北南流，经新胜、槐花至明月桂花桥村汇入蓬溪河，干流长26公里，流域面积80平方公里，其中县内占75平方公里。
　　王家河　源于明月镇龙宝山村凉水井，由北向南流，经常乐镇入黑龙凼水库，至回水场南汇入蓬溪河，干流长17公里，流域面积53平方公里。
　　利国溪　源于明月镇白云村，由北向南流，经明月、回水、大石等镇，至吉祥镇双江村入蓬溪河，干流9公里，流域面积11平方公里。
　　小潼溪　古名蓬川，又叫大石河。源于南充大兴乡，至蓬溪县下东乡郭家坡村入境，由东北流向西南，经下东、翔凤、宝梵、大石，至吉祥乡双江村注入蓬溪河，全长35公里，其中干流长28公里，流域面积195平方公里，县内占184公里，汇入溪流较多，有水孔溪、矮子沟溪、三田坝溪和老盖溪等。

　　三、天福溪、先宁溪、倒流溪、定水溪
　　天福溪　源于射洪县古佛乡，由北向南经天福、红江镇于马家岩村入涪江，干流长10公里，流域面积36平方公里，县内占27平方公里。
　　先宁溪　源于先宁乡先林村，由北向南经先宁、群力至红江镇顺江村入涪江，干流长15公里，流域面积26平方公里。
　　倒流溪　一源于任隆镇会云村，一源于船山区常林乡，两溪至金桥乡翰林村合流，由北而南流经高坪镇红塘村入涪江，干流长15公里，流域面积46平方公里，县境内占30平方公里。
　　定水溪　源于三凤镇梨树村，由东北向西南流，至荷叶定水村入涪江，干流长13公里，流域面积33平方公里。
　　四、荷叶溪
　　原名荷郁溪，又名任隆河，源于吉星乡牛王村，由北向南经吉星、高升、任隆、高桥、高坪等乡至荷叶乡荷叶村入涪江，干流长41公里。冬春多为干河。支流与干流呈树枝状水系，主要支流有东新溪、金龙溪。
　　东新溪　源于东新乡鲁班村，由东北向西南流至任隆镇红一村汇入荷叶溪，干流长10公里，流域面积31平方公里。
　　金龙溪　源于南充大同乡，由东向西流经金龙、东新、三凤至窑孔村入荷叶溪。干流长8公里，流域面积54平方公里，县内占50平方公里。

　　五、东保河、中和溪
　　东保河　源于蓬南镇孔屏咀村，由西南向东北流经蓬南镇、农兴乡复元村入南充境，注入吉安河，流入嘉陵江，干流长19公里，流域面积76平方公里，县内占69平方公里。
　　中和溪　源于潼南县宝龙乡，由南向东北流经群利镇，于蓬南镇凤翔村入武胜县境，注入吉安河。干流长9公里，流域面积54平方公里，县内占42平方公里。